มาเลนคอฟ รับผิดชอบร่วมเบรียากับงานที่สำคัญที่สุดการสร้างขีปนาวุธนิวเคลียร์.เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นหัวหน้าของโครงการของขีปนาวุธโซเวียต.ในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง มาเลนคอฟ,ดมิตรี ยูสตนอฟ และมิฮาอิล ครุนนิเชฟ เริ่มโครงการขีปนาวุธโซเวียตและจรวด โดยแทรกซึมอุตสาหกรรมขีปนาวุธเยอรมัน

หลังสงครามมาเลนคอฟได้ผู้ควบคุมในการขนย้ายจรวดวี-2ย้ายจากเมืองฟอร์พ็อมเมิร์น (Peenemünde) ไปมอสโกสำหรับในการพัฒนาต่อการสร้างจรวดวอสตอคและโคจรการสปุกนิกไม่กี่ปีต่อมา.ในเวลาเดียวกัน,มาเลนคอฟ ได้รับคำสั่งของสตาลินในการสร้างศูนย์พัฒนาจรวดในพื้นที่ต่างๆเช่น ปุสตินยาร์ ใกล้แม่น้ำโวลก้าและศูนย์ขีปนาวุธ ครุนนิเชฟ ในมอสโก[7][8]